Tahun 2009 dilihat sebagai tahun pra-kejatuhan pasukan bola sepak paling Utara di Malaysia ini. Mereka layak ke pusingan separuh akhir Piala Malaysia dan Piala FA buat kali terakhir, menduduki tempat kedua Liga Super di belakang Selangor dengan perbezaan 7 mata. Mohd Nizaruddin Yusuf ketika itu banyak membantu Perlis mendapatkan gol dan beliau memenangi Anugerah Kasut Emas dengan 18 gol.
Tahun berikutnya, mereka terkandas dalam suku akhir Piala Malaysia dan pusingan pertama Piala FA dan berada kedudukan kedua tercorot dalam Liga Super 2010.